Η Ελληνική Περιοδοντολογική Εταιρεία ιδρύθηκε το 1982 από τον καθηγητή Φώτη Μήτση και 20 ιδρυτικά μέλη. Αρχικά στεγάστηκε στην έδρα της Περιοδοντολογίας στην Οδοντιατρική σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών. Αργότερα, το 1992, με πρόεδρο την κυρία Ανθούλα Κηπιώτη-Διαμάντη αγόρασε ιδιόκτητο χώρο, ο οποίος αποτελείται από γραφεία, αίθουσα σεμιναρίων και επιστημονικών εκδηλώσεων, χώρο επιτραπέζιων επιδείξεων και βιβλιοθήκη.
Η Ελληνική Περιοδοντολογική Εταιρεία έγινε πλήρες μέλος της Ευρωπαϊκής Ομοσπονδίας Περιοδοντολογίας το 1993. Η κυρία Άλκη Ανδρονικάκη έγινε η πρώτη Ελληνίδα πρόεδρος της Ευρωπαϊκής Ομοσπονδίας Περιοδοντολογίας το 1999. Η κυρία Ιωάννα Καμμά έγινε πρόεδρος της Ευρωπαϊκής Ομοσπονδίας Περιοδοντολογίας το 2005.
